黑龙江省科学院自然与生态研究所始建于1978年，是省属公益一类科研单位。研究所立足国际科技创新前沿，围绕国家战略和生态文明建设的重大需求，依托黑龙江省丰富而独特的自然资源和生态资源，开展生态环境保护与恢复、生物资源保护与生态化利用、生物多样性保育、区域人与自然和谐发展、火山矿泉和矿泥资源保护与可持续利用等领域的基础与应用基础研究、战略研究和公益性成果社会化。

       研究所现有职工115人，其中高级职称62人，博士28人，硕士56人。设有联合国教科文组织国际自然与文化遗产空间技术中心哈尔滨分中心、湿地与生态保育国家地方联合工程实验室、黑龙江省特色动植物利用工程技术研究中心、黑龙江省科学院生物多样性重点实验室、火山矿泉资源实验室、五大连池研发中心6个研究机构，科技科、条财科、人事科、综合办公室、党委办公室和实验与分析测试中心6个管理机构。现有植物学、生态学和园林植物学3个省级领军人才梯队，区域地理学、野生动物保护与利用学、火山学3个院级领军人才梯队。设有湿地生态与恢复、湿地植物分子生态、寒温带森林生物多样性保育、火山植被生态协同进化、智能生物多样性、特色经济植物、天然植物功能产物、寒地园林植物、保护动物保育、自然遗产保护、自然资源效应、火山矿泉、火山矿泥13个创新团队。

       研究所拥有“联合国教科文组织国际自然与文化遗产空间技术中心哈尔滨分中心”、“国际森林生物多样性监测网络寒温带样区”、“中国-俄罗斯生态联合创新研究中心”、“中国-芬兰浆果研究技术中心”、“中-俄五大连池-贝加尔湖新生代火山与环境研究中心”、“中国-加拿大应用生态学研究中心”6个国际化平台，“湿地与生态保育国家地方联合工程实验室”、“黑龙江黑河（五大连池）森林生态系统国家定位观测研究站”、“博士后科研工作站”3个国家级平台，“黑龙江省湿地与恢复生态学重点实验室”、“黑龙江省特色动植物资源利用工程技术研究中心”、“黑龙江省生物多样性研究中心”“黑龙江省花卉中试基地”、“黑龙江省马克平生物多样性工作室”、“黑龙江省湿地生物多样性学会”6个省级平台，以及“三江平原湿地生态定位研究站”、“大兴安岭森林生物多样性定位研究站”、“五大连池火山植物进化与植被生态定位研究站”、“园林植物实验基地”等多个野外定位研究站和实验基地。主办《国土与自然资源研究》杂志。与俄罗斯、美国、瑞士、芬兰、加拿大等国家，以及中科院、北京大学、哈工大、东北林业大学等国内外30余个科研机构联合开展科学研究与学术交流。

       多年来，研究所共承担国家、省级等科研项目700余项，获国家科技奖励6项，省长特别奖1项，省部级科技奖励100余项。出版《中国湿地植被》、《中国草原生态功能研究》、《东北药用植物》、《黑龙江省兽类志》、《黑龙江省植物志》（第十一卷）、《中国土地管理利用史》等专著50余部，获国家发明专利等自主知识产权50余项，植物新品种10余个，发表论文1000余篇。揭示了一系列原创性科学发现，研发了一系列关键共性技术，提出了一系列智库发展战略，一些重大科技成果在黑龙江省经济社会发展中发挥了巨大的作用。以生态文明建设为标志的智库类成果为国家和省政府决策提供科学支撑。编制了《黑龙江省生态省建设规划纲要》及十一五、十二五规划、《大小兴安岭生态功能区专题研究报告》、《黑龙江省中长期科技发展规划》（生态与环境）、《黑龙江省应对气候变化规划》、《黑龙江省生物多样性保护与行动计划》、《黑龙江省蓝莓产业发展规划》、《黑龙江省2000年国土开发整治总体规划》等30余个省级重大规划，经省政府批准实施。参加撰写的关于大小兴安岭生态保护与建设、“两江一湖”水稻基地建设等调研报告得到时任总书记胡锦涛、总理温家宝、副总理李克强、回良玉和省委书记吉炳轩、省长栗战书等领导的批示，助推《大小兴安岭生态保护与经济转型规划》和《黑龙江省“两大平原”现代农业综合改革配套试验》上升为国家战略。

        面向新时代，研究所将深入实施“厚植特色品牌，共享开放联合，聚力生态龙江，创新科学发展”的新时代发展战略，围绕国际科学创新前沿、国家、省战略发展需求，立足于黑龙江省丰富而独特的自然资源和生态资源，重点开展湿地生态、恢复生态、全球变化生态、森林生物多样性、特色经济植物资源保护与生态化利用、园林植物资源培育、自然遗产评价与保护、自然资源效益评估、保护动物保育生物学等科学研究，为生态环境恢复、生物多样性保护、生物经济、碳中和、碳达峰、黑土保护等省生态文明建设做出新的贡献。